לאחרונה פרסם המשרד חוזר לקראת שנת הלימודים תשפ"ז, שכולל שינויים במודל התקצוב בחינוך המיוחד ובכיתות שח"ר שמשמעותם בפועל קיצוצים משמעותיים, כך לפחות לטענת ראשי הערים שפנו אליי.