על ראש הממשלה נתניהו כתבה הוועדה כי הוא היה אחראי לפגיעה בכל מוקדי קבלת ההחלטות, ובהם הקבינט והמל"ל, באופן שמנע כל דיון רציני הכולל ריבוי דעות בסוגיות ביטחוניות משמעותיות. בדוח כתוב: נתניהו אחראי במידה רבה לקונספציה של כסף תמורת שקט, ואחראי לכך שקולות אחרים שביקרו אותה הושתקו לחלוטין.