קביעת סדרי עדיפויות בתוך התקציב של המשרד לביטחון לאומי מסורה לשר ולאנשיו. הם קובעים לאן הולך הכסף. המשרד הזה תוקצב בתוספות עתק בשנים האחרונות, כולל 2.2 מיליארד שקל תוספתי בבסיס בתקציב האחרון.