לצד זאת, יש לציין כי משרד החקלאות וביטחון המזון פועל לאורך שנים במסגרת תקציב בסיס מוגבל ובסיסי, אשר אינו מאפשר גמישות תקציבית כלל או השתתפות מלאה במימון החלטות ממשלה שונות.