פיקוד מרכז הפך להיות שותף מלא לתופעה הזו של הקמת המאחזים הלא חוקיים, של שימוש שקרי בנימוקים ביטחוניים על מנת לפרוץ דרכים ולהניח תשתיות, לרבות תוך הפקעת אדמות פרטיות של פלסטינים, כדי לאפשר את קיומן, הקמתן ומיסודן של אותן נקודות התיישבות.