בנוסף, זה כבר לא סוד שרבים מעובדי הסוכנות, או לפחות חלקים גדולים מהם, חברים בארגוני החמאס והג'יהאד האסלאמי. והמשמעות לכך היא שאנשים שעובדים בשטחי מדינת ישראל חברים בארגונים המבקשים להשמידה. ארצות הברית, גרמניה, קנדה, אוסטרליה, איטליה, בריטניה ופינלנד גינו בחריפות את אונר"א, ואף הודיעו על הקפאת התרומות עבור פעילותה עד לבירור הדיווחים והעובדות.