ב-25 השנים האחרונות, משנת 1999 פחות או יותר ואילך, בג"ץ במאות רבות של החלטות התערב בצורה מעשית בקביעת המדיניות הביטחונית של מדינת ישראל בשטחים. זה היה ברובד האסטרטגי, ברובד המדיני וגם ברובד הטקטי: החלטות של באיזה חימושים משתמשים ואיפה; החלטות שנוגעות לכל מיני דברים מבצעיים, מעבר לכל מיני דברים גדולים; טיפול בשבויים; יחס לשבויים; את מי מכניסים למדינת ישראל; נוהלי פתיחה באש ועוד ועוד ועוד.