אז מה חלקו של ראש הממשלה נתניהו בכשלים החמורים האלה? על נתניהו נכתב בדוח שהוא "קיבל החלטות שלהן השלכות משמעותיות על ביטחון המדינה ובניין הכוח של צה"ל, ללא תהליך סדור של קבלת החלטות"; נקודה שנייה: "הגיע לסיכומים עם גרמניה בשורה של סוגיות מדיניות, ביטחוניות וכלכליות ללא תיעוד ותוך עקיפת הממשלה". נקודה שלישית: "הפך את המל"ל לגוף ביצוע של ראש הממשלה, שפעל במקביל ובסתירה למשרד הביטחון בתחומי האחריות והמומחיות של משרד הביטחון".